众人皆跪拜接旨，然后召开司以上军官大会，讨论近卫军改制的事宜。
前面杨光皋等人已经将战事过程详细上奏给了皇帝，并且指出了现在军队面临的主要问题：一是白刃战有待加强，特别是多人对付一人的攻法，而且敌人攻击一强就会出现溃散现象，二是指挥方法有待改进，三是医官数量太少。朱由校强调，针对这些问题，各位军官要群策群力，一起提出意见，汇总以后再报来。现在这份建议书已经交上来了，所以这次改制其实是近卫军各级军官的集体意见的结果。
朱由校宣布道：“近卫军全部重新打乱编排，保证每个参加过辽河战役的老兵带一到两个未参战的新兵，并选五百名习水性的士兵编成水营，前往泉州帮助张千方。淘汰一部分战兵进入辎重营，每旗配备一个信号兵，营及以上军官配备多个信号兵，各级军官和信号兵统一集中学习信号指挥的细则。近卫军改编成步兵营五个，骑兵营三个，炮兵营两个，每个战兵司设医官两名，另每营加设医官两名，重新编营以后，于京师附近进行野营拉练，并进行白刃对战训练。”
等大会散了以后，朱由校和近卫军几个营长以上的军官开始开小会。首先，他拿出一支怀表道：“这是西方的计时之器，叫做怀表，把每天十二个时辰分二十四个小时，然后每小时分六十分钟，每分钟分六十秒，朕这里有一箱子，你们先拿去，局以上军官均要配备，至于使用方法朕会让孙郎中的手下告诉大家的。”众将大喜过望，时间的精确性使得战术的运用可以更加多姿多彩，平日的计时方法复杂而且不精确，这种怀表的使用，能够大大增强军队战力。
朱由校又取出一个望远镜，让军官们试看了一下，然后满意地看着啧啧称奇的军官说道：“这个叫望远镜，可以看远物，在行军侦查作战时都有很大作用，这个营以上军官配备，斥候旗长也要配备，方法也让兵仗局的人讲解。这两样物事，对作战当然是有极大好处的，但是要注意，最重要的是人，带刺刀的燧发步兵只要阵形不乱，在相当甚至更多的敌人面前都是无敌的，所以阵形还要练，多练下行军和作战时的阵形变换，然后这次作战中乱跑的士兵给他们一个机会，就不再用军规处罚了，换一种方式，召集士兵开会，在会中必须要狠狠批评他们，让他们自己做检讨，绝对不能再出现溃逃的情况，燧发兵溃逃后，战场上就只能任人宰割了。”
此事交待后，朱由校开始询问大家对辽东局势的看法。
杨光皋首先发言：“王巡抚曾言，如若过河，则军粮可取自海州，河东义民则会箪食壶浆以迎王师，且西虏可提兵四十万而夹击建奴。以臣等所见，广宁军装备不齐，训练不足，如若过河，其败可期。至于义民缚敌将以迎王师只怕未必，臣可听说沈阳之汉民可是盛装打扮将建奴迎接进城的。西虏哪来四十万精兵，何况其狡诈异常，只想要朝廷赏银，不足为信。”
曹文诏也道：“巡抚只想过河击奴，已先后派遣五支部队过河，均大败而归，逃回者百中无一，现广宁军中只巡抚一人以为建奴即日可破，其它军将均畏与建奴野战，广宁军守城倒是可以，但出击只怕不行。”
周遇吉的意见也差不多，觉得广宁军战力差，王化贞想当然尔。
曹文诏本来来自广宁军，他的话应该代表了广宁军中的多数将士的看法，朱由校当然会重视，只是现在朝廷大臣们可不是这么想的。于是朱由校要他们合写一个奏折，将广宁情况做一说明，并提出自己的意见。
上次王化贞的建议被熊廷弼否决以后，深恨熊廷弼，把军事全推托在熊廷弼身上。熊廷弼于是请朝廷警告王化贞，不得借口有人节制，坐失战机。此前，四方援辽的军队，王化贞全改名号为“平辽军”，辽人很不愉快。熊廷弼说：“辽人又没叛乱，请改为‘平东’或‘征东’，以快慰辽人的心。”从此以后王化贞与熊廷弼矛盾益深。
八月初一，熊廷弼上书说：“三方面布置的战略的实施，必须联络朝鲜。请抓紧时间派钦差使臣去访问朝鲜的君臣，让他们征发八道的全部兵力，在江面上设立连营，助我军的声威。”并举荐监军副使梁之垣，说他在海滨长大，熟知朝鲜的事情，可以充任钦差使臣。朱由校马上就同意了，并且按照行人奉使的惯例，赐给一品官以示宠信。梁之垣于是上书提出加强他们的事权、确定自己职责等八条要求，朱由校也都同意。梁之垣正在和有关部门商议兵饷的事，王化贞所派遣的都司毛文龙已经袭取了镇江，奏上了捷报。满朝为此大喜，立即命令登、莱、天津派出两万水师接应毛文龙，王化贞率四万广宁兵进据河上，和蒙古军一起乘机进取，由熊廷弼在中间调度。命令下达以后，经略、巡抚所辖兵镇相互观望，熊廷弼根本没办法指挥王化贞，所以最终两方都没有出兵。
熊廷弼因为毛文龙报功绕过了他，所以说：“三方兵力未集，文龙发之太早，致敌恨辽人，屠戮四卫（指金、复、海、盖四卫），军民殆尽，灰东山（指矿徒起义）之心，寒朝鲜之胆，夺河西之气，乱三方并进之谋，误属国联络之算，目为‘奇功’，乃奇祸耳。”这种说法就有点牵强了。朝廷大臣们看到他的疏言，多不信服，王化贞更不满，屡次反驳熊廷弼对他的批评。
王化贞向朝廷许下诺言：“仲秋之月，可高枕而听捷音！”意思是明年三月，即可取胜。而熊廷弼上言皇帝：“明谕抚臣，慎重举止，毋为敌人所笑。”两人关系越来越僵。