而这时群臣开始上本，认为皇弟朱由检年龄已大，请求皇帝封其为王。太子的出生，这本来就是题中应有之义，于是皇帝封朱由检为信王，至于他的封地，群臣商议后，希望皇帝将信王封在广西南宁府。
朱由校觉得广西太远，建议重新找一个近一些的地方安置信王，却又被群臣一致反对。叶向高说得有些直白：“远者则可安皇亲之心。”而一向讲究字斟句酌的大臣们都觉得这句话说得好，说得妙，说得哌哌叫。
朱由校无可奈何，同意将信王分封到南宁府。但以南宁不靖为由，将信王暂时留在京城，虽然群臣反对，但在他的坚持下，最后他们只得勉强同意。
而在七月初，京师大学堂举行了第一次考试，朱由校称之为期考，正式名称叫半年考。这次考试结果，让经历过后世教育的朱由校目瞪口呆：师范学院和吏员学院竟然是全部合格，而且优秀率达到了九成。
其实这是他的惯性思维作怪，后世学生会出现厌学的情况是因为当时已经是全民教育，总会有部分人对学习没有兴趣，这很正常。而在这个时代，受教育的机会本来就少，而象在京师大学堂这样的环境里免费学习，更是自古未有之事，大家珍惜这样的机会都还来不及，又如何会出现厌学的情况呢。
而研究院的学生则分为六科，其中的农事和器械两科的学生根本就没有在教室里上过课，直接实习。
农事科分为两个小班，一个小班在上林苑监跟着良牧、蕃育、林衡、嘉蔬四署的署丞实习，另一个小班则在司苑局里跟着那些老农学习。
器械班则直接进入兵器局，按照自己的兴趣，选择盔甲，火铳，火炮三类，跟着兵器局的三位侍郎学习。
天文地理算术医药等四科的学生则在大学堂里学习，徐光启和西洋传教士可以做天文地理算术的教授，而医药则是由太医院的太医来做教授。
而皇帝朱由校先生，则是唯一的六科教授。
五月十一早上，他用过早膳后，客氏说道：“今天是农学，皇上，您干嘛要去教学生农事呢，您自己又没干过，有那么多老农民，伺候了一辈子庄稼，他们不会吗？”
朱由校笑道：“奶妈你就不知道了，他们知道如何栽种庄稼，可是他们不知道为什么要这样做，至于我知道的一些东西，他们听都没听说过，虽然我没干过农活，但我比老农更懂得如何增产，这个叫知识的力量。”
他洋洋得意地来到司苑局，农事班的班长宋应星上前对他作了一个揖道：“陛下，今天要讲育种了。”（朱由校规定，在他当教授期间，学生只需对他行作揖礼，不用跪拜。）
宋应星是一个举子，三十多岁，多次会试不第后，已经绝了科举之念。正好这次京师大学堂招生，他就来考农事，结果成绩很好，被任命为农事班的班长。
朱由校笑道：“好的，让他们来大堂吧。”
在司苑局的大堂里有一块黑板，朱由校进了大堂，学生一起起立行礼道：“老师好！”
朱由校挥了挥手道：“同学们好，今天我们开始讲遗传问题。什么是遗传呢？我们把一粒南瓜种子栽进土中，一段时间后就会长出一株南瓜来，而不会长出冬瓜来，我们平常说的种瓜得瓜，种豆得豆，就是遗传现象。”
“那我们总结一下就可以得出遗传的概念了：物种的下一代与上一代相同的现象，就是遗传，我们把上一代称作亲代，下一代称作子代……”
他当年学的生物知识当然远胜于现在的水平，但重点是他没办法验证，总不能说生物体内有DNA吧，学生问你在哪里，什么样子，怎么好说呢。所以先从可见的现象说起，等玻璃作坊的显微镜制造好后，慢慢来讲细胞什么的吧，至于DNA，估计他有生之年，是没办法讲到这里的，因为那可不是普通的光学显微镜能看到的。
一共讲了一个时辰，把遗传定律改头换面地讲了一遍后，让他们用些植物做实验，就下课了。课后他对宋应星说道：“我说的东西你要详细记录，等我讲完一个部分后将记录交上来，我订正以后就是农事的课本了。”
回到宫里，和内阁交流了一下，对重要的国内外问题做了指示，一般的问题听阁臣讲一下就吩咐让他们自己处理，结果报上来就行了。
下午是他的亲子时间，他和小公主朱淑娥玩会儿，然后去看下不是吃奶就是睡觉的朱慈燃，和三位老婆交流一下育儿心得，吃吃豆腐，可真是其乐融融呀。
五月十二，兵器局。“同学们看，在这个平滑的玻璃上，这个小车滚下来的速度会渐渐加快，为什么会出现这种情况呢，因为他们受到了力的作用，这种力我们称之为重力……”
五月十三，京师大学堂天文班。
“我们来看一看，这个太阳的运行方式是这样的，那这个月亮的运行方式是这样的，当我们住的地球挡住了太阳光时，月亮的这一部分就看不见了，这就是月相变化的原因……”
五月十四，京师大学堂地理班。
“这条江就是我们所说的长江，很多时候就直接叫大江，那他的源头在哪里呢，来，我们看地图，就是这里，当然，我们现在没办法去看，但等我们把蒙古人驯服以后，就可以派人去查看这个长江，黄河共同的源头，说不定到时我们还可以看到有别的大河的源头也在这里……”
五月十五，京师大学堂算术班。
“我们大家来看，这是一个三角形，那他的面积应该如何计算呢，从这个角作一条线，与下面这条边垂直，我们把这条线叫做垂线……”
五月十六，京师大学堂医药班。
“各位同学，为什么朕规定在军队中必须要喝烧开的水而不能饮用生水呢？受伤后用来裹伤的布为什么要用开水煮，然后放于烈日下曝晒呢？为什么受伤后要用酒精来擦洗伤口呢？因为就在这空气中，水中都有一些很小很小的小虫子，很快我们就能造出器械来让大家看到这些小虫子了。朕把他们称作细菌，人得病很多时候就是细菌引起的……”
五月十七日，用过早膳后，客氏道：“今天是休息日，陛下不用去当教授了。真是的，每天那么多事，还有精神去当教授，多选几个妃子不更好吗？”