春风得意马蹄疾，十多天后，冯梦龙终于入京。在京师大学堂国文院报到后，院方立即给他安排好住宿的地方，他还没有安顿好，就有小太监来宣他。
朱由校在国文院里接见了冯梦龙，同时被接见的还有吴炳，阮大铖，周延儒，姜云龙，凌蒙初和张岱。
冯梦龙虽然已经得小太监叮嘱，见到皇帝后只需要作揖即可。但见到皇帝后，他直接跪在地上，行了三拜九叩之礼，旁边的太监拉也拉不起来。
朱由校看到面前这五十多岁的清瘦士子，心里百感交集，知道他是伤心科举不顺，又感激自己的赏识，才会行此大礼的。
他笑道：“就此一例，以后大家都能算是同事了，就不要大礼参拜了。今年朕请各位来，是有一事相请。想来诸位可能都看过《水浒传》，这书写得很好，里面的一些英雄事迹能让人能看得血脉贲张，朕想请各位方家来评一评这书。”
众人连称不敢，周延儒上前道：“臣也曾经看过此书，只是觉得书中主旨似乎有些问题，官逼民反，容易煽动无知小民作乱。”
朱由校没好气地说道：“官逼民反，民不反何待？问题在官身上，与小民何干。”
周延儒一开口就碰了一颗最大的钉子，吓得不敢再作声，想要跪又不敢，只好面色通红地低着头。
朱由校笑道：“我们现在是讨论，你不用把我当皇帝，我们是同事，有话直说，我不同意你的观点，所以我讲我的看法，又不是朝廷奏对，那么紧张干什么。”
周延儒这才稍稍放下了心，不过也不敢再说。工部都水司主事吴炳上前道：“臣倒是觉得，此书作者其实并不是赞同造反的，他的本意应该是借此警告朝廷，应该要管好各级官吏，不要让官逼民反的事情发生。只要看对宋江这个人的描写，就能知道，一个坏人当了他们的首领，最后的结果能好到哪里去呢？”
朱由校不敢再直接开口评论，而只是点了点头，眼睛扫向其他的人。
余下诸人一一开口作答，但有朱由校开头所说英雄事迹所限，除了针对宋江或者王英之类的人，倒是没有人提出滥杀无辜的问题。
最后一个是冯梦龙，在其他人作答的时候，他的内心在进行着剧烈的斗争。他一直不喜欢《水浒传》，并不认为里面的人是英雄，但皇帝开篇就说他们是英雄，使得他在犹豫到底是随着皇帝的说法圆呢还是说出真实的想法。
这时场子里静了下来，他抬头一看，大家都在看着他，他心里一慌，便准备随便说两句算了。这时朱由校说道：“冯卿刚来，是不是车马劳顿，可要休息片刻。”
冯梦龙心里一横，皇帝专程将自己请来，又对自己如此礼遇，如果自己只知道做应声虫，那岂不是辜负了皇帝的一片心意。他将面色一肃，沉声说道：“陛下，臣也曾经看过此书。对宋江的看法与各位方家倒是相同，只是臣以为，梁山英雄，其实算不得英雄。”
众人一惊，这可是和皇帝唱对台戏，想不到他一幅落拓样子，竟然有这么大胆子。
“臣见书中所写，动辄杀人盈野，生民何辜，被他们以各种借口斩杀？梁山人就是对的？梁山人就可以随便给人定罪？你报仇杀了无辜者，那无辜者的仇怎么办？难道所谓英雄，便是觉得自己高人一等，哦，不是高人一等，除了他们兄弟，其余人在他们眼中，皆是蝼蚁不如。所以臣认为，他们不是英雄，不过是一群毛贼而已。”
说完以后，他心里方才畅快。虽然他知道很可能等着他的就是皇帝的怒斥，甚至是锦衣卫的酷刑，但他还是觉得，说出来心里才会不后悔。
一时屋内静默片刻，朱由校轻轻拍手，让众人一惊，以为是唤锦衣卫的信号，却见朱由校越拍越快，越拍越重，而并无人进来。
朱由校鼓掌一会道：“冯卿此言，甚合朕意呀。”
冯梦龙听到这话，才放下心来，这时才发现自己手脚酸软，一点力气都提不起来，竟然有要倒下的趋势，他定了定神，勉力维持，总算没有软倒在地。
朱由校笑道：“大家都坐下吧。”冯梦龙艰难地挪动脚步，好在椅子就在身后，总算安全地坐了下来。
朱由校说道：“各位卿家都是初次与朕进行交流，所以朕再说一遍，在这里，朕与众卿家是同事。朕就是研究院的六科教授，唯一的六科教授哟。在我们讨论学术方面的问题时，众卿家要把朕当成同事看，有什么就说什么，不要藏着掖着，也不要管你的想法和朕的想法是否相同。你的想法与朕相反有什么关系呢？我们就是因为不同才要讨论的，大家都相同了那还讨论个什么？这不是朝廷大事，可以各有各的看法，各有各的认识。就是朝廷大事，也不是由朕一言而决的呀，内阁还常常提出不同意见呢。”
“只有广泛的讨论，大家都摆出自己的观点，表明自己的看法，这样才能集思广益，这样才能在最终得到正确的结论。学术是学术，政事是政事，绝对不要担心你和朕的看法不同，朕会对你如何如何。朕在这一点上可以打包票，绝对不会因为学术问题而惩罚一个人，即使你的观点非常奇怪而且无理，朕会试着说服你，或者不让你的观点传播出去，但不会把你关进牢房。”
“如果你们经过京师大学堂的大门时稍微注意一下，就会发现新添了两句话：独立之精神，自由之思想。为什么会加这两句话呢，因为我曾经看过一位贤者给另一位蹈水而亡的贤者写过的碑文，我念给你们听吧。”
“士之读书治学，盖将以脱心志于俗谛之桎梏，真理因得以发扬。思想而不自由，毋宁死耳。斯古今仁圣所同殉之精义，夫岂庸鄙之敢望？！先生以一死见其独立自由之意志，非所论于一人之恩怨，一姓之兴亡。呜呼！树兹石于讲舍，系哀思而不忘；表哲人之奇节，诉真宰之茫茫，来世不可知者也。先生之着述，或有时而不章；先生之学说，或有时而可商；惟此独立之精神，自由之思想，历千万祀，与天壤而同久，共三光而永光。”