但指挥官群体中当然也不全是乌合之众，乌合之众大部分都是投机者。
指挥官群体的核心力量，也都是冷静、清醒，主动参与的高层人员。
她们本来就掌握着协调作战能力非常高的个人舰队，她们控制的地方，本来就非常的难以攻陷。
而且在政变开始之后，以塞德里克为首的高级人类指挥官，马上就想到了建制派反攻的可能。
她们也同时都知道，指挥官与舰娘之间的心灵传讯能力，是指挥官群体相对自由舰娘的最大优势。
她们迅速设计了一套专门的指挥系统，一个高级指挥官，带领多个普通指挥官，组成一个指挥中心。
利用指挥官和艰难之间的无障碍的通讯，在一定程度上获得无限的视野。
建制派的反攻，迅速突破了外围的散乱指挥官的防线，遇到了高级指挥官组成的指挥中心控制的地区，就碰到了硬骨头。
而这些指挥官的队伍，毕竟是刚刚联合起来，配合能力有限。
暂时而言，防御足够，但是想要继续进攻，就稍显不足。
双方很快就进入了僵持阶段。
在地方上的建制派反攻的同时，总部的列克星敦·埃塞克斯本人，也陆续将原司令部直属的特混舰队整编完成。
然后分成几个方向，一起航向首府军港。
在总部军港合适的攻击距离之外，依次排开航母攻击阵型准备空袭。
同时对塞德里克下达了最后通牒，要求塞德里克立刻投降。
塞德里克对于列克星敦的动作是早有预料的。
首府军港的陆基侦察机，一直在周围巡逻，塞德里克本人和盟友的直属舰队，都在军港附近待命。
现在收到列克星敦的消息，塞德里克就知道，列克星敦的舰队来了，而自己的侦察机全都没有发现。
首府是一个城市，一座军港，是固定的，而对方的舰队则在海面上游弋，在某种程度上是敌暗我明的状态。
塞德里克一边命令放飞全部侦察机，扩大搜索范围，直属舰队离港，准备战斗，同时给列克星敦回电报：
“列克星敦女士，我们无意于与你们战斗，我们的行动是为了改革不合理的制度，是为了为人类指挥官争取应得的权利。
“我们诚挚的邀请诸位，与我们一起组建新的联合议会和政府。”
列克星敦看了之后，直接回复说：
“不要再假惺惺的了，我知道你想要干什么，一个人类有怎样的想法，对于我们而言没有任何秘密。
“你，摧毁了元老会，六百多元老，至今没有任何消息，凶多吉少。
“你，摧毁了司令部的核心机构和设施，数十万人类和舰娘命丧你手。
“你，是整个司令部的罪人，你罪大恶极，罪无可恕，死不足惜！
“最后一次，现在立刻投降，我还可以给你留个全尸！”
塞德里克虽然知道说什么都没有用了，但是还是继续回复，争取时间：
“非常抱歉，为了保持突然性，使用之前没有进行实验，所以我也不确定那种新式武器的真正威力。
“爆炸之后我第一时间召集人手扑灭火灾，进入爆炸现场寻找元老们。
“到目前为止，已经发现了一部分，她们并没有全部死亡，只是因为伤势过重，短时间内无法恢复理智。
“我们现在最重要的是重建秩序，而不是彼此争斗，消耗司令部的力量！
“您有什么要求，有什么想法，可以安排人手过来我们面谈。”
收到这段话，列克星敦·埃塞克斯稍微迟疑了一会儿。
塞德里克的意思很明显，元老们并没有全都死亡，有一部分确认还活着。
但是，还活着的这些，理所当然的成了塞德里克的俘虏和人质。
但是列克星敦·埃塞克斯的决心，却没有受到多少影响。
俘虏有俘虏的应对策略，俘虏有俘虏的待遇，如果因为人质和俘虏，而影响到了正面战场的决断，那么关于权力和职责转移的规定就没有意义了。
所以，即便是列克星敦只在意活着的元老的状况，但是却没有继续跟塞德里克纠缠下去，因为列克星敦知道塞德里克在拖延时间。
于是，列克星敦给塞德里克发了最后一条电报：
“你最好保证元老们没事，那能减轻你的罪恶，否则后果自负！”
然后不再等待塞德里克的回复，直接传达了自己的命令：
“开始攻击！”
三十多艘舰体化的舰队航母，放出了总数过一千架的战斗机和攻击机，分成几个机群，从多个方向，扑向自己曾经的首都军港。
随着距离越来越近，塞德里克这边的防空雷达终于有了反应，看着屏幕上秘密吗的光点，雷达兵马上拉起了防空警报。
天空盘旋的陆基战斗机，附近展开舰体的舰娘的战斗机，马上前出迎击，一场大规模的空战迅速展开。
双方第一波的战斗格外的激烈，双方的成员都是憋着劲，开战之后，都是用一种近乎拼命气势在战斗。
列克星敦一方想要穿过对方的拦截，去攻击首府的机场和资源设施，而塞德里克一方就要保护这些设施。
战斗从一开始就迅速进入了焦灼状态。
这种状态，让双方都非常的纠结。
敌我双方的舰娘队伍的构成非常类似，而两个本源战舰相同的舰娘同时展开舰体，双方的战斗力将同时遭到削弱。
这就是司令部内战的尴尬之处。
但是这并不是什么好事，舰体化的战斗无法决出胜负，那么后面就会发生大规模的舰装状态的白刃战。
而白刃战的伤亡不仅规模大，而且几乎是不可控的。
双方都争取在第一场战斗中尽可能的占据优势，避免势均力敌的白刃战。
但是实际的战况是，舰娘实力更强的列克星敦，和拥有陆基战斗机支援的塞德里克，双方谁都没有占到便宜。
持续了一个上午的战斗，几乎不分胜负，列克星敦一方的舰娘整体换了一批，还是无法攻入对方的防线。
列克星敦一方虽然摧毁了一些设施，但是对于整个首都而言，可以说并没有造成实质性伤害。