基尔——表面上是播音员水无怜奈，本名本堂瑛海，她的父亲和女儿一样，都是cIA的谍报员。
因为某种目的，而潜入了组织。
同样潜入组织的瑛海的任务是，给父亲伊森·本堂介绍新的接头间谍。
瑛海知道伊森会来检查下一个交易地点，所以为了介绍新的接头间谍。
瑛海在交易地点横滨的废弃仓库和伊森会合。然而，此时瑛海的上衣领口装着发信器，那是组织监视新来的瑛海，给她装上的。
仓库外传来琴酒的汽车引擎声，伊森以为女儿的身份暴露了，所以殴打了瑛海。
并且用枪击中了瑛海的肩膀，伊森咬破了自己的手腕，把沾满鲜血的手腕塞进瑛海的嘴里,
把手枪塞给瑛海：“不要放弃，瑛海！！”
嘴角满是鲜血的伊森，凝视着瑛海，斩钉截铁地说道：“只要继续等待，同伴便一定会出现！！”
“替我们完成任务吧！！”那是他最后的遗言。
伊森握着瑛海的手，用枪顶住自己的下颚，扣下了扳机。
（父亲……）回想起父亲的最后时刻，基尔握紧了拳头。
“快跑！父亲！！”面前，被伏特加从身后抓住脖子的直美，大声哭喊着。
基尔看来看屏幕上的映像。
基尔等人看到的监控影像中，坐在窗边看报的马里奥拿着手机站了起来。
马里奥把报纸放在床上，一边走一边说着什么，然后突然停了下来，转头跑到窗口四下看了看，便快速藏在了墙壁后面。
“被发现了。“大厦屋顶上，扣着来福枪扳机的科伦抬起头。
“可是，你跑不了！”科伦低声的嘟囔着，又盯着瞄准镜，把枪口指向埃申海默塔前的十字路口。
在车来车往的十字路口，科伦的瞄准镜十字线对准了一辆朝着城市酒店方向行驶的卡车。
朱蒂从城市酒店前急刹车的车里跳了下来，驾驶席的马克也打开车门走了下来。
两人面对着酒店正面入口时——“嘭！”
十字路口方向传来了爆炸声，朱蒂转头一看，看到因轮胎被打而爆侧翻的卡车，冒着火花在路上滑行，后面的车接连撞到了卡车车体。
伴随着剧烈的撞击声，灰尘扬起，在塔上休息的飞鸟一齐飞走————
看到眼前的惨剧，朱蒂目瞪口呆，不过，朱蒂马上意识到这是陷阱了，立即转头看着酒店。
听到撞车事故的声音，马里奥从墙壁后探出半个身子，看向窗外——————
“离开窗口！！”
朱蒂大声叫道，与此同时，酒店的玻璃窗被击碎，马里奥瘫倒在地上。
“不要啊啊啊——”
看到马里奥倒下，直美惨叫着。
“下面是你母亲。”冲着低头哭泣的直美，伏特加冷冷地说道：“即使这样，你还要拒绝跟我们交易吗？你还是认真考虑一下为好。”
那只是一瞬间发生的事，马里奥从墙壁后探出半个身子的瞬间,被子弹击中了。
在主控室巨大屏幕上，看着影像的人们，都被这瞬间发生的事惊呆了。
倒在地上的马里奥，半个身体被墙壁挡住了，监控只能拍到他的脚，然而，他的脚一动不动。
“可恶……”柯南悔恨地皱着眉。
回到居住区的房间后，直美一直趴在床上哭泣：“是我…杀了父亲……！！”
把直美带回来的基尔，还站在房间外面，听到直美的哭声，她也异常愤怒。
坐在床上的灰原，也只能默默地看着直美。
“跟那时一样……这次是抛弃了父亲！”
“不是的，你——”灰原刚一开口，直美便抬头看着灰原：“这样下去，你也会被杀掉！都怪我，大家都……”
直美低下头，大滴大滴的泪水落了下来。
灰原想起被组织杀害的姐姐，因为双亲早逝，姐姐是灰原唯一的亲人。
灰原想起开心地在街头散步的姐姐，不知不觉间，灰原眼中也满是泪水，两人依偎在一起。
“呜呜、呜呜呜…......”
听到直美的哭声，灰原拼命地控制着，不让自己哭出声来。
另一边，小兰和阿笠博士，坐在丑尾的游艇上，送走园子他们后。
小兰给太平洋浮标的柯南和小五郎打了无数次电话，但他们一直没接电话。
因为担心他们，所以小兰和博士求丑尾送他们去太平洋浮标。
“丑尾先生，真对不起。”
穿着救生衣的小兰来到二层操控室，冲着丑尾低下头说道。
“别在意，我也想在近处看看太平洋浮标，而且，他也拜托我了。”
丑尾看了看站在甲板上的阿笠博士，甲板的角落，放着阿笠博士带来的水中摩托和水下耳机。
“他让我看了他的发明，阿笠先生真是个了不起的男人啊。”
“………是的。”小兰回答道，她也觉得阿笠博士看起来非常可靠了。
太阳开始向西倾斜，阳光把太平洋浮标周围的海面染成了金黄色。
“我明白了！锁定服务器了！”面朝控制台的艾德，转身冲着牧野叫道。
艾德已经锁定犯人设置后门的服务器了。
“多长时间才能关上后门？”
“两、三个小时左右吧。”艾德一边回答，一边操作着。
“拜托了，艾德。”牧野低声说道。
盯着屏幕上声纳画面的技术员叫道:“局长！有声纳反应，在两公里之外，有螺旋桨的声音。”
听到螺旋桨的声音，柯南想起了安室打来的电话：“那家伙会从空中汇合，也就是说，那时潜艇只能浮出水面。”
潜艇开始上浮了——想到这点，柯南立即冲出了主控室。
在深海中潜行的潜艇，吐出主压载箱中的海水，开始上浮，坐在床上的灰原，身体微微倾斜。
（上浮了……）
注意到潜艇上浮时，侦探徽章传来断断续续的消息：“……原……听……得到吗……”
被反绑在身后的手中，侦探徽章里传来了柯南的声音。
“江户川！？”灰原扭着身子对着徽章叫道。
“….…灰原，听到了吗？”
“江户川！我听到了！”