阿睦尔撒纳就把定边左副将军印往地上一扔，带着亲信扬长而去。很快，阿睦尔撒纳在塔尔巴哈台纠集起两千人马，卫拉特四部中对清廷推行盟旗制度不满的和硕特汗班珠尔等人也纷纷趁势作乱，抢清军在天山北路各处的军台站物资。
9月，伊犁的清军留守部队因为势单力孤，被阿睦尔撒纳围困，只能突围东返。班第和鄂容安在转战中兵败自尽，萨喇尔被俘。阿睦尔撒纳虽然没能号令卫拉特四部，但天山北路又重新陷入战火之中。
当时，清朝定西将军永常带着六千军士驻扎在木垒，面对这突如其来的变乱，这家伙居然惊慌失措，不仅没有率部西进解救被困的友军，反而率军向东撤退到巴里坤湖驻扎，把巴里坤以西的控制权拱手让了出去。
天山北路的剧变让乾隆皇帝颜面扫地，“荡平准噶尔”这个让他引以为豪的武功不到一年就化为乌有。乾隆皇帝恼怒不已，迅速采取行动，准备挽回这个“大写的尴尬”。
九月，乾隆皇帝又玩起了“分蛋糕”的游戏，重新给卫拉特四部封了汗王，噶勒藏多尔济成了绰罗斯汗，车凌成了杜尔伯特汗，沙克都尔曼济成了和硕特汗，巴雅尔成了辉特汗。那些没跟着阿睦尔撒纳反叛的卫拉特贵族们，也都得到了札萨克台吉、内大臣等官爵的“小红包”。
这一招可真够厉害的，阿睦尔撒纳瞬间就被孤立了。卫拉特四部的贵族们为了各自的利益，都纷纷倒向了清朝这边。乾隆皇帝一看时机成熟，就在1755年年底筹划起了第二次远征伊犁的“大计划”。
这次，乾隆皇帝可不含糊，直接撤了那个胆怯的永常，换上了策楞当定西将军，达尔党阿当定边左副将军，扎拉丰阿当定边右副将军，组建了一支“豪华远征军”。
到了1756年2月，清军经过数月的准备，兵分两路开始进击伊犁。西路军由策楞、玉保统率，北路军由哈达哈等人统率，那架势简直就是“不破伊犁终不还”。
面对清军的大军压境，阿睦尔撒纳这家伙又耍起了花招。他让属下台吉诺尔布遣使向清军谎称已经抓住了阿睦尔撒纳，想以此来拖延时间。
可清军西路军的主帅策楞和玉保竟然中了这个“缓兵之计”，命令部队停止追杀，坐等诺尔布献俘。结果呢，阿睦尔撒纳这家伙趁机窜逃到哈萨克中玉兹阿布赉汗处，苟延残喘去了。
乾隆皇帝一听这消息，那可是气得不行，直接就把策楞和玉保给撤了职，让他们戴罪立功。然后，他又改命达尔党阿为定西将军统辖西路军，升北路军主帅哈达哈为定边左副将军，原协理北路军军务的满洲正黄旗副都统兆惠为定边右副将军，继续征讨阿睦尔撒纳余部。这乾隆皇帝啊，可真是“不达目的誓不罢休”啊！
清军讨伐阿睦尔撒纳的行动，简直就是一部“悲催的喜剧”。每次清军大张旗鼓地出发，结果却总是让人大跌眼镜，不仅没抓到阿睦尔撒纳，反而让准噶尔各部落对清朝产生了“不过如此”的轻视之心。
到了1756年12月，乾隆皇帝册封的绰罗斯汗噶勒藏多尔济、辉特汗巴雅尔等人，因为清朝推行盟旗制度让他们利益受损，竟然也举兵反叛，还攻陷了重镇乌鲁木齐。这可真是“后院起火”啊！
驻扎在伊梨的定边右副将军兆惠，一看形势不妙，赶紧带着少量清兵东撤。结果呢，在库尔喀喇乌苏的鄂垒扎拉图被叛军达什策凌所部围了个水泄不通。兆惠也是拼了，夜间率军突围，苦战后退至乌鲁木齐郊外。得知乌鲁木齐已经失陷后，兆惠只能继续向东“逃跑”，途中还遇到了内大臣雅尔哈善派出的800人援军，这才得以退回巴里坤。
阿睦尔撒纳一看机会来了，赶紧率部众回到准噶尔，与噶勒藏多尔济、巴雅尔等人举行会盟，那架势就像是要一举恢复准噶尔汗国似的。不过，他们的“好日子”也没过多久。
1757年3月，乾隆皇帝又派出了成衮扎布和兆惠，起兵4.5万人，兵分两路西进讨伐阿睦尔撒纳。这次可不一样，阿睦尔撒纳还和他的“恩主”哈萨克中玉兹阿布赉汗因为划界纠纷闹翻了。阿布赉汗一看形势不对，赶紧遣使北京表示归顺清朝，和清军相约协同作战对付阿睦尔撒纳。
这下阿睦尔撒纳可惨了，受到清朝和哈萨克联军的攻击，他根本支撑不住。到了7月，阿睦尔撒纳所部再次被清军彻底击溃，他的同伴噶勒藏多尔济被杀，巴雅尔也被清军骁骑营马甲海兰察抓获。
阿睦尔撒纳一看大势已去，只能带着残部20人慌不择路地逃入哈萨克中玉兹牧地，后又北逃到俄国，躲在托博尔斯克城堡。这时候他身边只剩下妻子贝姬和儿子邦杜克等8人，真是够凄凉的。
其实啊，从18世纪40年代后期开始，准噶尔就内乱迭起，前后有4000名准噶尔牧民越界逃亡俄国境内。俄国边境的官员也是“来者不拒”，这次阿睦尔撒纳前来寻求庇护，俄国人更是觉得找到了一颗极有利用价值的棋子。
不过呢，俄国人也是高兴得太早了。1757年8月，阿睦尔撒纳因为天花病死于托博尔斯克，享年35岁。他这充满争议的一生啊，就这么在异国他乡画上了句号。以他为代表的部分准噶尔汗国上层人物的复国迷梦啊，也就此化为泡影。至于末代准噶尔珲台吉达瓦齐嘛，他的下场可比阿睦尔撒纳好得多了。