雍正初年，广西泗城土知府岑映宸有兵四千余，武器精良，鄂尔泰决心对其实行招抚。
岑映宸经多番招抚，终于解甲乞降，鄂尔泰给了他优待条件，遂在此地设泗城府制。
在鄂尔泰的努力下，“改土归流”得以大张旗鼓地展开，梧州，柳州、庆远等地的兄弟民族广大群众，积极拥护“改土归流”，主动向鄂尔泰献粮贡秣，组织自卫力量，配合官军打击劣司，有力地推动了广西地区“改土归流”的开展。
黔东苗岭山、清江、都江地区是贵州省着名的“苗疆”，周围三千余里，土塞1600余处，左有清江可达于楚，右有都江可达于粤，古州据中央群塞环于四周，地势险要。
鄂尔泰深感对这一地区改流难度更大，便找熟悉此地地形的贵州按察使张广泗商量对策。
雍正四年，张率兵击退前来抗击官兵的苗司军队，攻入古州城。
然而，“苗疆”的土司屡败屡起，尽管张广泗有勇有谋，也难以顺利进行“改土归流”。
雍正帝派部员到此“宣谕化民”，仍无济于事。
扰攘经年，终又发生反复，被赶走的土司和其武装蛊惑土着居民叛乱。
叛民攻占已归流的古州、台拱、黄平，包围都匀府的丹江、凯里、雍正帝调遣广、四川军队配合鄂尔泰镇压叛军，又派“抚苗大臣”张照自京师前来“会剿”。
结果，张照却密告鄂尔泰的“改土归流”方略根本错误，不仅未能平服叛乱，反又添内乱。
鄂尔泰上疏，只承认没能彻底搞好“改土归流”，但坚不认为改流方针的错误。
直到罢免张照，再令张广泗镇压叛乱，才使此地流官制度得以落实。
两湖地区在云贵改流进展之时也开始实行。
这里虽有土司，但土着居民与汉民杂居，土司也熟悉流官制度。
“改土归流”的大势威慑两湖土司多有主动要求改流者，但也有少数负隅顽抗。
湖北容美土司田如不听改流，雍正帝命鄂尔泰派兵进剿，田众叛亲离，吓得自缢身亡，所属地区改为流官制。
四川宁远、峨边、马边、雷波等地，山峦连绵，彝民祖辈在这里劳动生息。
但土司制度使他们深受其害，生活极端悲惨。
四川军政长官对彝民区的改流产生畏难情绪，迟迟不动。
当云贵地区有所建树后，促使他们也派兵进入彝区，在沙马、雷波、吞都、黄螂、建昌等地较为顺利地进行了“改土归流”。
总之，改土归流是历史上的一件大事，在这项边疆官制的改革中，鄂尔泰充当了主要角色，由关键之时的上书，到制定改流方针大计，再到具体实施，历时多年，付出了艰苦的努力。
雍正六年，鄂尔泰改任云贵广西三省总督，次年加衔为少保。
雍正十年召至京城，任保和殿大学士，居内阁首辅的地位。
后来又因为改土归流之功晋封为伯爵。
同年，因清政府在西北两路用兵，他出任三边经略，赴陕甘前线督师，数月后回京复命。