经历连番苦战，联盟在废墟之上艰难重建，残损舰队于星际船坞中接受抢修，伤兵在医疗舱内痛苦呻吟，而科研人员争分夺秒，试图从缴获的暗影科技残骸中剖析敌人弱点。然而，未等众人缓过神来，一则噩耗如惊雷般炸响：联盟核心星球之一，科技中枢“星耀五号”，突然失联。
“星耀五号”承载着顶尖科研成果、超维通讯阵列以及战略指挥中心，它的沦陷意味着联盟将陷入群龙无首、技术断流的绝境。“星刃”队长紧急受命，率舰队星夜驰援。当他们赶到时，心瞬间沉入谷底，整颗星球被一层浓稠到近乎实质的紫黑色护盾包裹，护盾表面电蛇狂舞，扭曲着周围空间，任何靠近的物体都会被瞬间扯成原子碎片。
透过护盾间隙，可见星球地表已被暗影能量重塑，城市化作诡异尖塔，通天彻地，内里紫芒闪烁，似在孕育着更恐怖的黑暗力量。“星语”博士检测能量波动后，面色惨白：“这护盾是暗影能量与空间裂缝技术结合，常规武器根本无法突破，强行攻击只会引发连锁空间崩塌，把星球彻底毁灭。”
但众人没有退路，“睿文”学者提出，曾在古籍中发现一种名为“星渊共鸣”的古老仪式，或许能利用星球自身能量频率，从内部干扰护盾。只是这仪式需在星球的五处古老地磁节点同时进行，危险重重，稍有差池，参与者便会被狂暴能量同化。
“钢拳”第一个站出来，带领四支精锐小队分别奔赴节点。他们乘坐穿梭舱，顶着护盾释放的能量风暴强行着陆。地面上，暗影生物如潮水般涌来，身形扭曲，融合了机械与生物的恐怖特征，有的能喷射酸性暗影浆糊，有的双臂化作利刃，疯狂劈砍。
“钢拳”机甲火力全开，光子拳套切换至散弹模式，每一击都震飞大片暗影生物。可敌人源源不断，小队成员伤亡渐多。在一处节点，他们遭遇了守护兽，那是一头如山岳般庞大的暗影岩犀，全身岩石外壳覆盖紫纹，冲撞之下，大地崩裂。“钢拳”瞅准时机，借队友吸引火力，从侧翼跃至岩犀背上，将机甲功率开到最大，狠狠一拳砸向其头部弱点，岩犀轰然倒地，为仪式争取了宝贵时间。
与此同时，太空战场陷入死局。暗影舰队蛰伏在护盾外围，不时发射暗物质导弹骚扰，联盟舰队投鼠忌器，不敢贸然还击。艾丽通过联合救援网络，紧急联络周边中立星球，许以重利，换来一批精通空间技术的隐士科学家。他们远程指导联盟舰队，构建复杂的能量矩阵，试图从量子层面干扰护盾频率。
随着地面小队逐渐到位，“星语”博士远程指挥，启动“星渊共鸣”。刹那间，星球地脉深处亮起五道光芒，与空中能量矩阵遥相呼应。护盾开始剧烈颤抖，出现丝丝裂缝。暗影舰队见状，发疯似的冲向联盟舰队，企图阻止仪式。
联盟将士拼死抵抗，一艘艘战舰化作火炬，在黑暗中绽放最后光芒。关键时刻，“光子净化炮”经改良后威力大增，集中射击下，终于撕开暗影舰队阵型。“星刃”队长抓住战机，率主力战舰直扑护盾裂缝，以自身战舰承受能量反噬为代价，撑开一道狭小入口。
地面上，“钢拳”等人在能量狂潮中几近昏厥，仍咬牙坚持。仪式接近尾声，节点光芒愈发耀眼，护盾轰然破碎，巨大冲击力将众人掀翻。还未等缓过劲，星球深处涌出一股终极暗影力量，汇聚成一道通天彻地的暗影魔神，它手持巨镰，每一挥动都能撕裂星辰，向联盟战士发出咆哮挑战。
联盟舰队倾尽火力，“光子净化炮”、镭射炮齐射，却无法伤其分毫。“星语”博士观测后高呼：“它的能量核心在胸口，那里是暗影与现实的连接点！”“钢拳”不顾机甲破损，扛起仅剩的“灵晶”能量炮，借助队友掩护，在枪林弹雨中腾空而起，向着魔神胸口全力一击。
强光闪过，魔神身形一顿，随后轰然崩塌，化作漫天紫雾消散。“星耀五号”重归平静，却已满目疮痍。联盟战士们精疲力竭，瘫倒在地，但他们知道，这场胜利只是惨胜，暗影势力必将卷土重来，而他们只能在这血与火的征途上，一次次挣扎起身，为了那遥不可及的和平之光，继续奋进……