一
是年暮春，刘裕出师北伐南燕，至初夏未归。窃据广州之孙恩余党卢循、徐道覆，探知晋军久围广固不克，南返无期，便乘岭南诸河水涨，各率军逆流至五岭孔道上陆，袭击桂阳、南康，皆得手。晋荆、江二州因抽调将士随刘裕北伐，兵力空虚，郡兵更兵少缺练；恰逢青黄不接，诸郡城粮不足，卢、徐乘胜攻之，诸郡兵大抵一触即溃，于是叛军竟于旬月之间，便取得二州大部！
嗣后卢循自巴陵，徐道覆自浔阳，各率军乘舟顺江，楼船百艘，舳舻千里，晋廷百官闻讯，自大惊惧。至刘裕破广固，卢、徐已联袂进至芜湖以下。
此日，卢、徐会于姑孰。卢循出身河北大族范阳卢氏，其家世奉天师道，南渡晚于王、谢、庾、桓诸族，故朝中无人，然其率宗族乡党南下，居于浙东海滨，亦家大业大。孝武帝即晋帝司马曜在位之末年，帝弟司马道子秉政而昏庸，政以贿成，官吏赃污狼藉，于是境内不宁，朝野思乱。孙恩乃徐州琅琊人，家族世奉天师道，其叔父泰，传闻以符水治病颇灵验，而颇有信徒，于是自称天师。
孙泰寓居钱塘，信徒既众，乃与当地号称数百岁不死之杜子恭，互相鼓吹，以妖言惑众，倾动朝野，江东官民多信之。司马道子将朝政付与群小，与其兄晋帝司马曜一般，整日醉生梦死，以为泰有不死之方，亦信奉之。终而杜称仙人而身死，泰亦以干预朝政遇杀。
正好道子遗落大权于其世子元显，为抗桓玄，元显发江东僮客即大族荫户以为兵，家中僮仆成群的南渡大族，如卢循为家主之范阳卢氏辈，三吴诸大族如吴郡四姓顾、陆、朱、张，吴兴三姓乌程丘氏、武康沈氏、长城陈氏辈，皆大怨望。尤其如乌程丘氏族长丘尪，武康沈氏族长沈穆夫等，皆孙泰信徒，举族从奉，闻泰诛死，已有为教主报仇意。
于是孙恩乘机挑动多有其叔父信徒之诸大族，复以兵凶战危，诳惑且纠合方为朝廷收归国有之僮客数万人，以为部曲，于浙东海滨起事。
卢循及三吴大族既皆怒朝廷夺其僮客，遂皆与恩同反，投身恩之麾下。丘尪、沈穆夫更是踊跃，偕率家兵攻占吴兴郡城，一郡皆陷。徐道覆出身徐州大族东海徐氏，其家亦世奉天师道，倾家财事孙恩，复为卢循妹婿，故恩起事之后，徐亦纠合部曲相随。
后沈穆夫为刘裕战败受招降，其族弟某仍与孙恩勾连，欲倚重恩之威势，夺穆夫族长之位，遂潜兵攻杀穆夫。穆夫三子渊子、田子、林子，率家兵奔刘裕相告，裕皆以为将。后穆夫三子攻杀其族叔，夷灭其家，以报父仇。
至恩终为北府兵追至海岛而粮尽，穷蹙蹈海而亡，卢、徐犹称恩不死，乃羽化登仙而去，于是率恩余众转战浙东而南，自海上袭击广州城番禺，俘刺史吴隐之，遂窃据广州之地。时道子父子兼掌朝权，而元显实架空其父。道子犹言当趁卢、徐自浙东败走，发舟师海上追之，元显却以为二人窃据广州非腹心之患，大患乃在建康上游雄踞荆、雍、江三州之桓玄，于是竟授卢循为广州刺史，而以徐道覆为始兴相！卢徐二人遂于岭南安居，且仍以孙恩之教门招揽盲信者补充部曲，遂至坐大。
卢、徐叛军过芜湖，未至姑孰之先，刘裕已自甫亡之南燕都城广固旋师，且报捷者八百里加急，已将大军即日南还消息，传入了建康朝中。因天师道徒众遍于士庶，便是朝中出身高门之士大夫，亦多有信奉者，故卢循于都中多有细作。此番卢、徐会于姑孰，正为得知刘裕已灭南燕凯旋，不日将归至江东，而特意商量对策。
卢循出身汉末大儒卢植之族范阳卢氏，家学渊源，颇有士大夫儒者习气，亦好附庸风雅，喜谈论；尤倾慕诸葛亮、羊祜风度，战场疆埸之间，缓带雍容，持麈尾扇指挥，然实迂阔不决，无军事才。此日卢与徐道覆，同至姑孰牛渚山脚桓温墓前，不禁慨叹：“桓宣武有霸王之资，英姿天挺，实孙仲谋、司马宣王之流亚也。其称道王处仲为可儿，自身虽终不做贼，桓玄亦其令子可儿！使往昔不有桓敬道在荆州，司马朗君安得即以你我，为州牧郡守哉？是桓氏与我，与你老兄，亦有缘作因，今不得无果！哈哈哈……”
徐道覆拱手曰：“阿兄客气！”乃即色转凝重，郑重道：“卢公！刘裕既灭慕容超，今携战胜之威凯旋，大军旋师急归，昼夜兼程，不须旬月，乃可忧者！”
卢循道：“我亦正忧此！今虽有岭表、荆、江，究竟江陵未下，朱龄石犹拊我大军之背！使刘裕急归至京邑，则我腹背受敌哉！吾之意，不若暂戍姑孰，以防下游；你我且率大军，仍西上袭江陵，得荆州全境之后，再议东伐。卿以为何如？”
徐道覆曰：“公此计大谬！今当昼夜兼程，一鼓作气，期于刘裕归至京邑之先而抵石头城，则朝廷夺气，建康无险可守，桓玄之业再成也！安得复西上攻江陵哉？使不能败朱龄石而全有荆州，彼时刘裕已归至京邑，则真腹背受敌矣！”
于是二人议定，扬帆直下新亭，便攻石头城，以取得昔日苏峻、桓玄叛乱先据石头城，然后威服朝廷之功。
二
刘裕归至广陵，闻孙处已戍金城垒，而刘穆之已遣将增兵守石头城，豫州刺史刘毅虽失芜湖、姑孰诸要地，仍率大军在合肥，窥视贼军，乃稍稍心定，仍命急渡大江。南兖州刺史为太尉麾下连夜征集民船，至晓办得大小舟船千余，于是大军渡江。
刘裕不待入台城皇宫觐见晋帝司马德宗，即先入东府城其太尉府中，见承担北伐留后重任的刘穆之。此前与裕一道首义起事反桓楚之尚书左仆射孟昶，因卢、徐贼军逼近京邑，痛悔朝议北伐出师与否之际，公卿自司徒王谧以下，大抵以为须从长计议，只他一人一力主张出师，遂使卢、徐乘隙，京邑有垒卵之危，深以为己罪责，竟仰药而亡。于是朝野惊惧，惶惶不可终日，皆以为贼军旦夕将至，司徒王谧诸公卿，已有迁都广陵以避贼锋芒之议！
刘裕闻孟昶自杀，不禁叹惋：“孟公方助我经纶朝政，不意竟以卢、徐贼军之逼，而仰药轻生！朝中乏才，今复失一股肱，使人神伤！”又道：“迁都岂为良计！昔苏峻乱后，京邑残破，石虎游魂临江，朝中亦有迁都之议！三吴大臣欲迁会稽，温忠武欲迁豫章，以王丞相持重，坚执不迁都，乃有大晋百年之运！且纵迁广陵，贼得江南，不能复攻江北哉？迁都自是非计！”
刘穆之道：“诚然，迁都非计。孟公逝者已矣！今贼军已过姑孰，不日将抵新亭，王敦、苏峻、桓玄之事，恐复重演！公当急处分！”
刘裕道：“我已命无忌统南徐州兵，守朱雀大航。为免城中不安，我当亲率余众，乘夜赴石头城，以备西来之贼！”
三
卢、徐叛军近十万人，且有其于巴陵大败荆州水师，所夺得建抛石楼橹之楼船巨舰百艘，艨艟斗舰无数，舳舻千里，布满江面。是以叛军自姑孰再扬帆直下，刘毅麾下奉命阻截之豫州水师将士见而心惊，几乎一触即溃，乃龟缩入巢湖，叛军遂东下。
是日黄昏，夕照在往昔周顗辈南渡名士曾于其地饮宴对泣的京西重地新亭瓦顶之际，徐道覆指挥麾下于长江南岸上陆，直趋新亭垒。晋军守垒者甚少，战不多时，城垒失守。入夜，叛军已据新亭，隔秦淮水入江之口与石头城对峙。司徒王谧闻新亭失守，不禁失色，叹曰：“周伯仁泉下有知，犹当与我隔秦淮对泣！”
叛军得新亭后，徐道覆见对岸石头城灯火微弱，似乎守者无多，且刘裕甫归，未必便已遣兵增戍，乃即乘小舟，命急摇橹，径至江滨卢循座船求见。卢惊曰：“卿日暮方攻战，取新亭垒！何不解甲安歇，乃仓促来此？”
徐道：“公雍容缓带，徐图进止，欲以仁义收江东之心耶？刘裕不忠桓玄，司马德宗不过傀儡，一汉献帝耳，其岂愿居人下者哉！公若不然者，今当再接再厉，便攻石头城！今刘裕已归，使其增戍石头，后日安得有今日机会？本当再接再厉，然下官麾下今暮攻新亭垒亦多有折损，且将士疲惫，恐攻石头不下，遗卢公忧！故不克解甲，乃星驰来见。愿请公乘夜发兵，便攻石头！”
卢循狐疑，心道：“刘裕既归至京邑，困兽犹斗，石头乃京西唯一坚城，其岂尚未入石头哉！道覆方乘胜，何不便攻石头，却来我处请兵？若道恐刘裕增戍，何不一鼓作气，试攻石头哉？今夜风起，江上浪涛甚大，莫非……”于是卢道：“来日方长，卿勿忧石头不下！此刻夜风已起，江上浪急，且逆风，岂是出攻之时？只卿在新亭，吾当乘风北赴蔡洲，以与卿军为掎角之势，纵刘裕增戍石头，不忧来日其城不下！”
徐道覆急曰：“公迟疑不决，今年事败矣！桓玄当日迟疑不杀刘裕，乃有其自江陵出奔欲入蜀，而为冯彬之族弟迁射杀于峡江舟中之事！公今日不听我言，后定悔不当初！”
卢循不悦道：“本同举事，纵卿不听我指挥，吾岂听命于卿哉？且月黑风高浪急，此刻攻城，乃致死之道也！若非骨肉至亲，吾当疑卿用心！”
徐见卢坚执，不肯即乘夜出兵攻石头城，乃顿足于地，愤愤郁悒而去。
是夜刘裕已入石头城，然兵力不及叛军三分之一，遂遣斥候于江上观望。斥候回报，道卢循率贼军大众赴蔡洲矣。刘裕心头大石落地，长吁一口气道：“卢循不乘徐道覆战胜得新亭之际，即发兵攻此城，后日京邑岂复有忧哉？今夜风向北吹，贼不敢逆风来攻，乃乘风北去，此天助我也！”