《覆流年》情节丰富多样，难以确切统计，以下是一些主要情节：
1. 前世悲惨经历：陆家大小姐陆安然与大瀚朝六皇子穆泽相识定情，出嫁当日陆夫人病重去世。之后在穆泽争权道路上，陆安然遭遇落水丧子、弟弟死在军中、陆家被陷害全家处死等变故，得知母亲早死是陆家侧室所为后，心灰意冷自焚于殿内。
2. 重生初期谋划：陆安然重生后，决心远离穆泽，替母报仇，成为陆家三十六港继承人，用船只违规超载一事赶出二叔陆廷，后为保陆家平安选择与穆泽结盟。她私下查找侧室柳夫人暗害陆夫人的证据，发现是牛膝段与药材冲突致母亲重疾不愈。
3. 情感纠葛与波折：花朝节夜晚，陆安然发现前世与穆泽相遇是其刻意利用，她决定主动出击答应嫁给穆泽，却因此错过穆川。穆川送镯子表白，陆安然婉拒。侧室柳夫人想害陆安然，陆安然将计就计假死，让侧室女儿陆欣然嫁给穆泽。陆安然之后告别穆川前往儋州，以劫持赈灾粮幕后真凶高承贤为投名状进入庆王府。
4. 京城风云变幻：陆安然怀疑陆欣然和蔡望津情定终生，认为是解救陆家时机，也接受了穆川求爱。穆泽为萧惊雀哥哥萧映的军中势力偏帮萧惊雀，蔡望津安慰陆欣然被撞见，陆欣然疯癫，陆安然借机想将陆家撤出京城。但码头混乱中陆夫人意外身死，穆泽以陆昀威胁陆安然，陆安然拒绝嫁他为妾，后陆父被萧映押走，陆欣然将陆安然活埋，穆川救下陆安然。
5. 再次嫁入王府与争斗：陆安然为救陆父同意嫁给穆泽，穆泽为得萧映兵力将萧惊雀升为王妃，萧惊雀杀死陆安然贴身侍女，陆安然设计揭露此事。穆泽派人暗杀穆川手下农户，陆安然故意刺伤与穆川的友人以表忠心，穆川与穆泽割袍断义。陆安然挑拨穆泽对萧映的怀疑，穆泽杀死萧映，萧惊雀失势，王府大权交予陆安然。
6. 结局终于尘埃落定，这一场宫廷权谋大戏也迎来了终章。萧惊雀怀着满腔悲愤来到御前，她毫不畏惧地向皇帝揭露了陆安然与皇子之间错综复杂的情感纠葛，以及那令人震惊的萧映死亡真相。皇帝闻之勃然大怒，他无法容忍这样的丑闻发生在自己的皇宫之中。
盛怒之下的皇帝，命人端来一杯毒酒摆在穆泽面前，冷冷地说道：“要么你放弃陆安然的性命，要么你连这皇位都一并舍去！”面对如此艰难的抉择，穆泽心中痛苦万分，但为了保住心爱之人的性命，他最终还是无奈地点了点头。
而另一边，穆川得知此事后心急如焚。为了保护陆安然，他毫不犹豫地挺身而出，毅然决然地接受了皇帝赐予的军队封赏。从此，他肩负起保卫国家和心爱之人的重任。
与此同时，一年一度的除夕燃灯大典即将举行。按照惯例，需要选出一人作为点燃灯眼之人，这可是一项无比荣耀的使命。穆川主动请缨，表示愿意承担此任。然而，心怀叵测的穆泽却将计就计，企图利用这次机会诈死皇帝和翊王，以实现自己不可告人的野心。
可惜，姜还是老的辣，皇帝早已洞察到了穆泽的阴谋诡计。在燃灯大典当晚，当穆泽以为计划就要成功之时，皇帝突然现身，揭穿了他的阴谋。穆泽眼见大势已去，只得仓皇出逃。
走投无路的穆泽最终落入了穆川手中。此时的穆泽已经万念俱灰，他深知自己罪孽深重，难以逃脱惩罚。于是，他请求穆川给他一个痛快，结束这充满罪恶的一生。穆川虽然对穆泽的所作所为感到愤恨不已，但终究还是不忍心亲手杀死自己的兄弟。最终，在穆泽的苦苦哀求下，穆川缓缓举起了手中的剑……
随着穆泽的死去，这场宫廷风波总算平息下来。由于穆川在关键时刻表现出的忠诚和勇敢，皇帝龙颜大悦，当即册封他为皇太子。而历经磨难的陆安然，则决定离开京城这个是非之地，返回故乡苏城。
临行前，穆川前来相送。两人相视一笑，眼中满含着深情厚意。他们知道，虽然此刻不得不分别，但未来还有无数可能等待着他们去续写。或许有一天，命运会再次安排他们重逢，继续那段未了的情缘……