明军向琼州府城方向开拔，兵力为南洋陆军三个步兵营，一个雇佣兵营和一个炮兵营，南洋陆军辅兵一个镇，南洋海军陆战队一个营，郑家军水师二镇陆战营，郑家军水师上岸的一千人，郑家军右虎后卫铁甲兵两个百人队，共计一万一千人。
靠海作战一个最大的好处就是，后勤辎重压力小，而且不用担心被清军袭击粮仓。所有的粮草都通过水路运输。
大军路过文昌县城的时候，王新宇才发现文昌县城都已经空了，不仅没有发现有清军驻守，连土兵和民壮都没见到一个。
一开始王新宇还担心是空城计，清军故意打开城门，在城内埋伏。
派遣小股辅兵和土兵试探的进攻一下，发现确实是空城，城内没有任何埋伏。
明军不费吹灰之力进入城内，看到城内只剩下为数不多的一些当地百姓，城内的仓库都被人搬空了，连一粒粮食，一块铜板都找不到，只剩下饿晕的老鼠。县衙大门紧闭，明军撞开大门，发现县衙里面也是空无一人，知县和衙役都早已不知去向。
“看来，鞑子的兵力收缩了，应该都集中到琼州府城去了。”王新宇做出判断。
不久之后，前往儋州和临高刺探情报的斥候回来，也说那两座城都已经是两座空城，清军早就跑光了，大部分的百姓也被转移走，城内的衙门和仓库全空了，城内外几座清军兵营也是空无一人。
得到探子回报的消息，王新宇立即派人通知正在万州集训的飞虎镇训练营，下令王进忠立即派遣飞虎镇山地兵，急行军赶往儋州和临高，轻松占领了两城。
两日之内连得三城，王新宇并没有觉得太高兴，因为这说明清军放弃了三座小城，把所有兵力都集中到琼州府城，准备同自己在府城决一死战。看样子，琼州府城的攻城战，肯定不会那么好打。
琼州府城，城池要比崖州、万州等城坚固得多，更是会同、乐会等县城不能相比的。既然朱之光收缩了兵力，而且把周围三座城的粮食都搬入府城，那这时候琼州府城里面粮食足够，也不怕明军围困。
琼州府城已经是一座彻底的孤城，孤立无援。海上的交通被彻底截断，琼州的清军无法逃出去，对面雷州半岛和广东的清军也不可能来增援。本来王新宇的舰队就足够封死海南岛，再加上二十六艘刚刚购买的英**舰到来，清军水师来多少都是送死。
若是围困琼州，自己大量兵力被迫困在琼州府城下，无法及时控制海南岛全境，也不能保证镇住延平港和坤甸两地，而且还得从两地运输大量粮食来琼州，这样是很不利的事情。更重要的一点是，快过年了，士卒们都希望早点结束琼州之战，好安心过个好年。
王新宇自己也想尽快结束对琼州府城的攻城战，这样自己好在过年之前还来得及跑一趟延平港，然后回厦门过年，迎娶郑小姐过门。
明军先头部队抵达琼州府城城下，构筑一道简单的防线，防止清军出城袭击
。随后明军就开始安营扎寨。后面的明军陆续赶来，派遣辅兵去后面的山林中砍伐木头，打造攻城器械。攻城的火炮也陆续被云了过来，在城外架起大炮。
天黑之前，攻城的明军全部到了琼州府城下集结，拉起了连绵数里的大营，架起几十门大小火炮，搭起了瞭望城内动静用的望楼。
琼州知府朱之光站在城头，看着城下一眼望去望不到头的明军大营，脸上露出冷峻的神色。他知道，明军这次来势汹汹，不攻下琼州肯定不会离开的。
“大人！民壮都已经组织起来了！”一名清军千总模样的军官上前向朱之光行礼。
朱之光点了点头：“把守城武器都搬上来！投石机就放在城内，看城头的旗号发射石弹即可。若是搬上城头，反而会被贼人的大炮所毁。”
琼州城内，周长一千两百多丈，高三丈，城墙厚两丈七尺，设有东西南三座城门，四个城角还有角楼，城墙后面还有子城，城门后面有瓮城。城内的守军，有从周边县城收拢回来的绿营清兵两千多人，征集的当地土司兵三千多人，朱之光还征集了周围三城的一万多民壮配合守城。
外城和子城之间，架设了十多架投石机，地上对着大量石头。城头上，民壮们紧张的准备栓有绳子的石盘，狼牙拍。城头上还点燃一口口大锅，里面煮着金汁；地上放着万人敌、石灰瓶、火油罐等守城武器。
为了预防明军穴攻，朱之光在外城和子城之间还挖掘了壕沟，挖出几口池塘，里面灌满水。一旦发现明军穴攻，城内守军可以立即截断地道，并引水灌入。
城墙脚下的一箭远之内，密密麻麻插着无数梅花桩、鹿砦等障碍物，可以用来阻拦明军的攻城武器靠近城墙。
“大人，城下有海寇的人来了！好像是要喊话！”一名清兵向朱之光禀报。
朱之光走到南门城楼上，只见从明军的阵中走出一人，走到一箭远的地方停下来。
“朱大人！”来的那人拉开嗓门喊话，“我大明王师前来此地，意欲收复琼州！我王师攻克琼州之后，将会把琼州府升为琼州布政司！你我同为汉人，可是朱大人为何要为残忍屠杀我汉人的鞑子朝廷效力？若是朱大人肯开城举义，为我大明效力，我们可以奏报朝廷，由朱大人来当这琼州司第一任巡抚！”
“住口！”朱之光大吼道，“尔等海寇，自称伪明，安敢口出狂言！我大清得到大明传承，乃是正统，我朱某乃朝廷命官，岂可向贼人投降！等我王师至此，尔等都将身首异处！还不如早日投降我王师！”
“王师！”城下劝降的人冷笑道，“他们是屠杀我汉人的鞑子！岂可配上王师二字？”
朱之光反驳道：“当年大明不得人心，贼寇四起。大清虽是异族，但大清入关之后，平定祸害大明的贼寇，为先帝报了仇！大清又继承大明传承，乃是正统！可是伪明小王朝不服王化，居然勾结贼寇！如今天下将定，百姓可安居乐业，过上太平日子，可是尔等贼寇却打出伪明旗号再起烽火，不让百姓过上太平日子！实是可恶至极！”
“不让百姓过上好日子？不让百姓过上好日子的是鞑子！一道剃发令下，多少生灵涂炭！鞑子入关，屠杀我大明百姓无数！所谓的给先帝复仇，乃是鞑子的谎言！如今我王师，就是要推翻鞑子朝廷，恢复我大明的！”那劝降的人大吼道。
朱之光怒道：“我王师有百万之众
！可投鞭填海！若是王师至此，尔等将死无葬身之地！”
城下那人冷笑道：“投鞭填海？我大明舰队在海上巡弋，鞑子不要说百万大军，就算千万大军也得送到海底去喂鱼！”
劝降不成，两边各自散去。
王新宇感叹一句：“这朱之光，虽是清官，但顽固不化，死忠于鞑子朝廷，既然如此，此人留之不得！”于是下令，加紧打造攻城武器，准备在次日一早就发起攻城战。
这琼州府的城墙极厚，有两丈七尺厚。如此之厚的城墙，就算是把红衣大炮从船上搬下来对准城墙猛轰，也不知道要轰多久才能轰得破。如果轰击城门的话，里面有瓮城，攻破了城门进去也没用。
因此，王新宇决定还是采取填平护城河，炸开城墙的办法来破城。
次日三更，明军埋灶生火做饭。五更，明军用完早饭，开始列队攻城。
大军各部列阵，铁甲兵手持铁盾牌，在最前面缓缓推进，后面紧跟着弓箭手、燧发枪手、鸟铳手等远程火力压制兵种。大群的辅兵推着四丈高的巢车，缓缓向城墙推进上去。巢车上面站着神箭手，可以用强弓压制城头清军。
天色刚刚蒙蒙亮，明军列好阵，中军擂动战鼓，担任填河任务的辅兵推着几十辆盾车，载着填充满沙土的麻袋，向护城河方向推进上去。十辆站着神箭手的巢车也被人推出来，向城墙靠近。
“投石机！”突然巢车上的神箭手大喊道。
只见一发发石弹从城内弹了出来，在空中划过了一道道弧线，砸在明军辅兵的四周。
落地的石头砸出得地面上一阵飞沙走石，石头落地的声音震撼了推盾车的辅兵。每一颗石头落在地上，大地都一阵震动，所有的辅兵都感觉石头好像要砸到自己一样。
有的辅兵转过头去望了一眼，看到身后站着手持利刃的战兵，这些由俘虏改编成的辅兵只好断绝了逃跑的念头。只要他们敢跑，明军战兵就会毫不犹豫的砍下他们的脑袋。
投石机的射程只有一百五十步，安放在城内的投石机无法攻击得到巢车，站在巢车上的神箭手还是很安全的。但是推着盾车的辅兵就麻烦了，在进入投石机射程后，城内的石头不断砸了下来，尽管命中率很低，那架势却十分吓人。
“啪”一块石头砸中了一辆盾车，结实的盾车就像鸡蛋壳一样四分五裂，后面推车的辅兵也被砸翻了五人。巨大的石头把人砸得骨头碎裂，脑浆迸溅。
两名辅兵当场被砸死，三人受伤倒下，倒在盾车边上，发出痛苦的哀嚎声。
“上！”由俘虏的土司兵改编的明军轻甲战兵挥舞着朴刀，督促后面的辅兵补充空位，继续推着盾车前进。
又是一颗石弹击中了一辆盾车，这颗石弹从顶部落下，砸在盾车的正中间，砸在盾车上运载的沙袋上，跳了一下，翻滚到右边推车的四名辅兵头上，重重砸了下去。只听到一阵撕心裂肺的惨叫声，被砸中的四名辅兵倒下，其中两人脑浆迸裂，还有一人肩膀被砸得软了下去，另外一人被砸断了腿。盾车上的沙袋全部飞了起来，把左边的辅兵撞翻在地上。
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